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En 1494, établissement à Dole, par Maximilien d’Autriche, d'un Hôtel des monnaies et d'une Chambre des comptes (transférée à Lille en 1499).

Maximilien de Habsbourg laisse le gouvernement des Pays-Bas et de la Franche-Comté à son fils Philippe le Beau qui est aussi l’époux de Jeanne la Folle, reine de Castille et d’Aragon. Le peuple, attaché à la maison des Comtes de Bourgogne voit en lui l’héritier de Charles le Téméraire et l’acclame aux cris de «Vive Bourgogne». Philippe meurt trois ans plus tard en 1506.

Son fils Charles Quint n’a que six ans. Maximilien confie le gouvernement de la Franche-Comté à sa fille, la comtesse de Bourgogne Marguerite (1493-1530). Cette femme, issue du sang des comtes de Bourgogne, sait rapidement se rendre populaire, même si elle gouverne depuis Malines capitale des Pays-Bas. Elle intervient auprès de son père pour limiter la pression fiscale sur la Franche-Comté. La neutralité de la Comté est assurée en signant d'une part, une Ligue Héréditaire (en 1511) avec les cantons Suisses promettant une aide réciproque en cas de conflit, et d'autre part un traité de neutralité renouvelable (et renouvelé sans interruption jusqu’en 1611) avec le royaume de France (en 1522).

Tandis que comtesses et comtes de Bourgogne résident aux Pays-Bas, le pouvoir est délégué à un gouverneur comtois et au Parlement de Dole. Ce dernier a maintenant le pouvoir de statuer sur toutes les questions, qu'elles soient politiques, économiques ou militaires. La Franche-Comté recouvre son autonomie.

À la mort de Maximilien en 1519, son petit-fils Charles, déjà roi d'Espagne depuis 1516, devient empereur du Saint-Empire romain germanique, sous le nom de Charles Quint.

Le retour de la Franche-Comté sous la tutelle des Habsbourg amène Besançon et le comté à dépendre du même seigneur. Cela ne s’est pas produit depuis Frédéric Barberousse au XIIème siècle.

En 1530, Marguerite décède à Malines et lègue par testament la Franche-Comté à son neveu, Charles Quint. Il fait gouverner la Franche-Comté ainsi que les Pays-Bas par sa sœur, Marie de Hongrie, aidée de son garde des sceaux, Nicolas Perrenot de Granvelle.

Charles Quint maintient les privilèges du Parlement de Dole, il autorise la commune de Besançon à battre monnaie (1534).

Dès 1555, Charles Quint prépare sa succession entre son fils Philippe et son frère Ferdinand. Son fils Philippe II, roi d'Espagne, deviendra souverain de la Franche-Comté, son frère Ferdinand Ier, empereur du Saint-Empire romain germanique, garde Besançon, ville libre impériale, qui forme enclave au milieu d'une possession espagnole. Les Habsbourg se subdivisent ainsi en « maison d'Espagne » (à laquelle la Franche-Comté se trouve « arrimée ») et « maison d'Autriche ».

Le 10 juin 1556, les États de Bourgogne sont convoqués à Dole par le gouverneur du comté, Claude de Vergy. Pierre de Barres, président du parlement de Dole renonce, au nom de l’empereur, à la Franche-Comté, au profit de Philippe II.

Charles se retire au monastère de Yuste en Espagne, il meurt le 21 septembre 1558.

Philippe II donne à sa demi-sœur la duchesse de Parme Marguerite, le gouvernement de la Franche-Comté et des Pays-Bas, plaçant auprès d’elle le cardinal Antoine Perrenot de Granvelle, le fils de Nicolas.

En 1562 il rétablit la Chambre des comptes à Dole, celle-ci s’installe en 1568 rue Fripapa (rue Marcel Aymé actuelle).

En 1595, Henri IV déclare la guerre à l'Espagne et envahit la Franche-Comté. Les campagnes sont ravagées et malgré une forte résistance, la plupart des villes tombent, Arbois est pillée et son capitaine Morel pendu. Finalement, l'arrivée des renforts espagnols force les troupes royales à repasser la Saône. Le traité de Vervins signé en 1598, met fin au conflit entre la France et l'Espagne, renouvelant le traité de neutralité.

En 1598, mort de Philippe II d'Espagne, qui a cédé la Franche-Comté à sa fille Isabelle-Claire-Eugénie. Elle épousera l’archiduc Albert d’Autriche en 1599.

Le traité de neutralité avec la Bourgogne française est renouvelé en 1611 pour une durée de vingt-neuf ans.

En 1622, après des années de désordre monétaire, un nouvel édit sur les monnaies est promulgué, il concerne toutes les provinces, mais le parlement de Dole l’annote et modifie certaines données.

En 1633, Isabelle d’Espagne décède, c’est son frère le roi d’Espagne Philippe IV (1621-1665), qui hérite de la Franche-Comté.

Le grand conflit de la Guerre de Trente Ans a débuté en 1618. La France cherche à se désenclaver des territoires tenus par les Habsbourg (Pays-Bas, Allemagne, Franche-Comté, Espagne et ses colonies italiennes) ; c'est une période de crise de subsistance et de crise monétaire. C’est en 1634 que la Franche-Comté est prise dans cette tourmente. En 1636, Richelieu décide d'attaquer Dole, capitale de la Franche-Comté, et le siège du Parlement. Appuyés par la population doloise, le courage et la ténacité des 4 000 défenseurs de la place répond aux 15 000 soldats de l'armée du roi de France. Tous les assauts sont repoussés, semaine après semaine. Des ingénieurs sont appelés pour faire tomber la cité frappée par la peste : ceux-ci creusent des mines sous les fondations des murailles pour les faire s'effondrer, sans succès. Le 15 août 1636, la Franche-Comté remporte la victoire : Dole est libérée après un siège de trois mois.

Sur ordre de Richelieu, le duc Saxe de Weimar et ses mercenaires allemands qu'on appelait "les suédois", descendent d'Alsace et massacrent, pillent, brûlent et commettent des horreurs depuis St Hippolyte à St Claude, des villages entiers sont anéantis. Les troupes de Condé s'occupent du reste de la Franche-Comté. Seules Dole, Gray, Salins et Besançon peuvent résister.

Le traité de Westphalie met fin à la guerre de Trente Ans en 1648 puis la paix des Pyrénées en 1659, confirme la suzeraineté de l'Espagne sur la province. C'est une Franche-Comté ruinée qui ressort du conflit. Le recensement de 1614 montrait qu’environ 410 000 personnes vivaient en Franche-Comté, celui de 1657 indique qu'il ne restait environ que 160 000 habitants, soit une différence de près de 60 %.

En 1654, à la diète de Ratisbonne, le Saint-Empire romain germanique cède Besançon à l'Espagne contre la petite bourgade de Frankenthal (Palatinat) et ceci malgré l'hostilité des Bisontins (décision ratifiée définitivement en 1665). Dole craint désormais de perdre son rôle de capitale au profit d'une ville plus peuplée (14 000 habitants contre 5 000).

À la mort de Philippe IV en 1665, son fils Charles II (1665-1674) lui succède, mais il a seulement quatre ans, et présente également une déficience physique et intellectuelle.

Le roi de France, Louis XIV, réclame les Pays-Bas et la Franche-Comté en 1667, au nom de son épouse, Marie-Thérèse, la fille aînée de Philippe IV (principe de « dévolution », ancienne coutume espagnole qui réserve la succession au premier enfant royal, sans distinction de sexe). Ce sera le prétexte de la première conquête.

En 1668, Condé conquit le pays en 15 jours. Le contraste avec la résistance acharnée de la guerre de Dix Ans est grand. Quand Louis XIV entre dans la capitale comtoise, il promet de conserver à la cité son Parlement et à la province tout entière ses privilèges.

Mais, sommé par les Grands d’Europe, Louis XIV doit rendre la Franche-Comté à l’Espagne au traité d’Aix la Chapelle, le 2 mai 1668.

Les Espagnols mécontents de la faible résistance des Francs-Comtois suppriment le parlement de Dole et nomment des gouverneurs qui s'installent à Besançon (capitale provisoire de la Franche-Comté).

En 1672, la France déclare la guerre aux Pays-Bas ; l’Angleterre, l’Empire des Habsbourg et l’Espagne se liguent contre la France. En 1673, l'Espagne lance des raids en Bourgogne. Les Français contre-attaquent sur le sol comtois, contre-attaque repoussée par le peuple. La guerre perdure : deux mois plus tard, des paysans refusant de se rendre à Arcey sont brûlés vifs dans le clocher où ils s'étaient réfugiés. L'évènement ravive de plus belle le sentiment anti-français : une garnison française est massacrée en représailles tandis que les embuscades s'intensifient.

Mais les cités comtoises, la plupart du temps mal fortifiées, tombent les unes après les autres. Malgré leur ténacité, la lutte des partisans, « les loups des bois », ne suffit pas à repousser les troupes du roi de France. Après 10 mois de combats, les Comtois refusent toujours de se rallier à la France.

Après la reddition de Besançon, les troupes françaises arrivent à Dole à partir du 27 mai 1674.

Dole résiste, mais à court de munitions et de vivres, doit capituler le 7 juin.

Le 17 juin, Louis XIV rétablit le parlement à Dole.

La province ne sera entièrement conquise que le 5 juillet. Ensuite, le duc de Duras est nommé gouverneur de la province et réside à Besançon. Louis XIV confie à Vauban le soin de faire de Besançon un des bastions de la France de l’est.

En 1676, le Parlement est transféré à Besançon. Louis XIV ne pardonne pas à Dole d’avoir été le foyer de la résistance comtoise, il démantèle les murs de la ville, et Besançon devient par lettres-patentes du 1er octobre 1677 la capitale de la région.

1678 : traité de Nimègue. La Franche-Comté est officiellement et définitivement française.

Rome

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